Podporu zo strany Európskej komisie možno rozdeliť na tri hlavné oblasti: spolufinancovanie projektov, podpora podujatí zameraných na zvyšovanie informovanosti (predovšetkým výročné konferencie na vysokej úrovni o elektronickom zdravotníctve , ktoré organizuje členský štát predsedajúci Rade EÚ) a prebiehajúcich štruktúr zameraných na tvorbu kontaktov a sietí, výmenu osvedčených postupov a tvorbu politiky.
EÚ sa podieľala na financovaní veľkého počtu projektov súvisiacich s elektronickým zdravotníctvom v rámci viacerých programov.
