Réseaux pilotes sur les maladies rares : ces projets pilotes ont été financés par le programme de santé publique avant l'adoption du cadre juridique de la directive relative aux soins de santé transfrontaliers.

Les projets de réseaux européens de référence indiqués ci-dessous ont été mis en place dans le cadre de la directive relative aux soins de santé transfrontaliers et ont bénéficié d'un financement de l'UE au titre du programme Santé afin de contribuer à la mise en œuvre de la stratégie de l'UE en matière de santé .

Depuis 2005, l'Agence exécutive pour les consommateurs, la santé, l'agriculture et l'alimentation gère les appels à propositions pour les projets, octroie les subventions, organise des conférences et s'occupe des relations avec les bénéficiaires de fonds au titre du programme Santé.