Pilotne mreže za redke bolezni – pilotni projekti, ki jih je program javnega zdravja začel financirati še pred sprejetjem pravnega okvira iz direktive za čezmejno zdravstveno varstvo.
Spodaj navedeni projekti o evropskih referenčnih mrežah so bili pripravljeni v okviru direktive za čezmejno zdravstveno varstvo. Projekti so prejeli tudi sredstva EU iz zdravstvenega programa za izvajanje zdravstvene strategije EU .
Izvajalska agencija za zdravje in potrošnike od leta 2005 pripravlja in vodi razpise za projekte, dodeljuje nepovratna sredstva, organizira konference in skrbi za odnose s prejemniki sredstev iz zdravstvenega programa.